Düşünce bir süreç, düşündüğünü idrak edip düşünceyi iradesel dikkat ile belirli bir alana yönlendirme, odaklanma ve sonuca ulaştırma ise bir bilinç ve şuurluluk halidir. Bilinç, birçok bileşenin bir araya gelmesiyle, düşünce fonksiyonunun belirli bir nesneye yöneltilmesidir. Bilinçli olmak, idrak etmek, farkında olmak ve üzerinde düşünmek insanı insan yapan temel ve karmaşık fonksiyonlardır. Düşünce süreçlerinin tamamen normal çalıştığını kabul edersek, kişinin iradesiyle neyi düşüneceğine ve nasıl düşüneceğine dair bir yapılandırma karşımıza çıkmaktadır. Düşünce süreçlerinin hangi etkiler altında hangi yollara yöneldiğinin matematiksel kurgusu ortaya konabilirse, bir takım düşünsel kaynaklı rahatsızlıkların tedavisinde neler yapılabileceği de netleşir.
Birey çocukluğunda, ebeveynin veya bakıcıların nesne ile ilişki şeklini modeller. Bir ev içideki nesnelerin önemlilik derecesi aile tarafından kodlanır. Sehpa üzerindeki kristal vazonun önemliliği ile kül tablasının önemliliği aynı kategoride değildir. Ebeveyn kristal vazoya yaklaşırken jest, mimik ve hareketleriyle pahalı ve önemli bir şeye dokunduğunu çocuğa anlatmaktadır. Aynı ilişkiyi kül tablasıyla ortaya koyarken kül tablasının önem derecesinin azaldığı görülmektedir. Çocuk kül tablasına uzanıp almaya çalışırken, ailenin yüzündeki tedirginlik ile baba yadigârı kristal vazoyu almaya çalışırken ailenin yüzünde beliren tedirginlik farklıdır. Bu durum ayrı ayrı kodlanmış önemlilik derecesinin farklılığını gösteren bir yapılandırma sürecidir. Bütün sosyal ilişkilerin ikili, üçlü ve tüm nesne ilişkilerinin önem sırası aynı şekilde ruhumuza kodlanmaktadır. Bu kodlanmış sistemi aynen kopya ettiğimizde nesne ile ilişkiler kaotik olmaktan kurtulacak, matematiksel bir sürekliliğe ve geçerliliğe sahip olacaktır. Bebeklik dönemindeki bu kodlama kişiliğin ana temel kabullerini oluşturacaktır.
Çocuğun modellediği ebeveynin nesne ile ilişkileri sağlıklı ve normal ise çocuğun geliştireceği kişilik örüntüsü o oranda normal olacaktır. Bu temel kabuller üzerine çocuk ilişkilerinde bazı tecrübeye dayalı bilgiler ve beceriler elde edecektir. Zamansal süreç içerisindeki nesne ile ilişkilerde bu tecrübeler bireye haz duyumu oluşturduğu müddetçe kalıcılığını sürdürürken, nesne ile ilişkide sıkıntı ve acı duyulması aynı şekilde o ilişkinin bu bağlamda kodlanması sonucunu doğuracaktır. Önem derecesinin ilk basamağında; anne-babanın önem derecesinin bebeğin ruhuna kopyalanması söz konusu iken, ikinci basamağında; çocuğun gelişim evrelerinde nesne ilişkilerinde yaşadığı haz ve elemin şiddet derecesine göre yeni bir kategorizasyon yapılacaktır. Bu kategorizasyona göre de daha sonraki nesne ilişkilerinde ön yargılı olarak yaklaşılarak sonucun o yönde olacağı ihtimali önkabulünden dolayı ya bir olay peşinen negatif olarak kabul edilecek ya da acı duymamak için o nesne ile baştan hiçbir ilişkiye girmeyerek ondan kaçınılacaktır.
Önyargılar, tutumlar ve tabular fonksiyonel olmayan davranışlardır. Temel bireysel öğretilerin üzerindeki bir katmanda yer alırlar. Birey yaşamı için, anne-babasından aldığı temel kabuller çerçevesinde, kendi tecrübeleriyle, oluşturduğu fonksiyonel olmayan kabulleri birleştirerek yeni bir alan seçer. Bu alan içerisinde yaşamını ve nesne ilişkilerini sürdürür. Bunların devamlılığı kişinin varoluşunu devam ettirir. Ancak bu varoluş bazı bireylerde mutluluk ve keyif halini alırken, bazılarında sıkıntı, bunaltı ve çaresizlik meydana getirir. Temel kabulleri ve ana şemaları sorgulama ve değiştirme imkânı olmadığından yeni olaylarla karşılaştığında otomatik düşünce kalıpları aktive olarak arka plandaki ana yapının işlerliğini devam ettirmeye çalışırlar. Bu da kişinin hayat içindeki varlığını sürdürmesine neden olur ve hiçlik ile yokluk karşısında alınması gereken en önemli önlemdir. Ancak bireyin ebeveynden aldığı temel kabulleri, tecrübesiyle elde ettiği yargıları ve bunlara bağlı yeni nesne ilişkilerinde otomatik düşünce aktivasyonu bireyi bir sonuca götürür. Bu sonuç sağlıklı bir zeminde gelişmiş ise birey mutlu ve huzurludur. Bu zincirin halkaları patolojik bir yapılandırma şeklinde oluşmuş ise birey mutsuz huzursuz ve sıkıntılıdır. Terapistin görevi patolojik bir süreç işleyerek oluşturulmuş olan bu bilişsel yapılanmanın hatalı tarafını bulup, bunları daha sağlıklı yapılarla değiştirmeye çalışmaktır. Bu durumda savaşılması gereken üç bilişsel katman vardır;
İlk katmanda temel kabuller yer alır. Biyolojik öğrenmenin ilk nöronal yolları burada meydana gelir ve bilinçdışı kişilik örgütlenmelerinin dinamik süreçleri burada bulunmaktadır. İkinci katman kişinin olaylar ve nesneler karşısında önyargılı bir şekilde iletişim sistemini oluşturan katmandır. Üçüncü katmanda ise alt katmanın geçerliğini temin edecek otomatik olumsuz düşünceler veya savunma düzenekleri yer alır. Olumsuz otomatik düşünceler göreceli olarak daha kolay düzeltilip olumluları ile değiştirilebilirken, fonksiyonel olmayan şemalar ve temel kabullerin değiştirilmesi daha zordur.